適應性免疫應答的過程非常復雜，可分為以下三個階層：
（1）感應階段（識別階段）
指抗原提成細胞（APC）攝取、加工處理與提呈抗原和T細胞、B細胞通過TCR、BCR特異性識別抗原肽階段。
（2）反應階段（活化、增殖和分化階段）
反應階段是指T細胞、B細胞特異性識別、接受抗原刺激后活化、增殖、分化的階段。B細胞活化、增殖、分化為漿細胞并產生抗體；T細胞活化、增殖、分化為效應性T細胞。其中部分細胞分化成為長壽的記憶細胞，這些記憶細胞可游出淋巴組織再循環。當再次遇到相同抗原時，這些長壽的記憶細胞可迅速增殖分化為效應細胞，發揮免疫應答效應。
（3）效應階段
效應階段是指免疫應答產生的效應產物（抗體、細胞因子和效應T細胞）發揮免疫效應，清楚非己抗原或誘導免疫耐受，維持機體平衡或誘發免疫相關性疾病的階段。效應階段包括：
①B細胞分化為漿細胞分泌抗體發揮體液免疫應答效應；
②效應T細胞的細胞毒作用以及效應Th1細胞釋放細胞因子發揮細胞免疫應答效應。
