基本原理
當模板分子（印跡分子）與聚合物單體接觸時會形成多重作用點，通過聚合過程這種作用就會被記憶下來，當模板分子除去后，聚合物中就形成了與模板分子空間構型相匹配的具有多重作用點的空穴，這樣的空穴將對模板分子及其類似物具有選擇識別特性。
基本步驟
1.在一定溶劑（也稱致孔劑）中，模板分子與功能單體依靠官能團之間的共價或非共價作用形成主客體配合物；
2.加入交聯劑，通過引發劑、光或熱等引發單體聚合，使主客體配合物與交聯劑通過自由基共聚合在模板分子周圍形成高聯的剛性聚合物；
3.將聚合物中的印跡分子洗脫或解離出來。
這樣在聚合物中便留下了與模板分子大小和形狀相匹配的立體孔穴，同時孔穴中包含了精確排列的與模板分子官能團互補的由功能單體提供的功能基團，如果構建合適，這種分子印跡聚合物就象鎖一樣對此鑰匙具有選擇性。這便賦予該聚合物特異的“記憶”功能，即類似生物自然的識別系統，這樣的空穴將對模板分子及其類似物具有選擇識別特性。
分子印跡技術的應用舉例
1.用于化學仿生傳感器
由于MIPS對于印跡分子的高選擇性，故可以作為仿生傳感器的分子識別元件；這種分子識別作用可以通過信號轉化器（壓電晶體、電極、電阻等）輸出，然后通過各種電、熱、光等手段轉換成可測信號，可定量分析各種小分子有機化合物。
2.色譜分離
MIPS最廣泛的應用之一是利用其特異的識別功能去分離混合物，近年來，引人矚目的立體、特殊識別位選擇性分離已經完成。其適用的印跡分子范圍廣，無論是小分子（如氨基酸、藥品和碳氫化合物等）還是大分子（如蛋白質等）已被應用于各種印跡技術中。
3.固相萃取
通常，樣品的制備都包括溶劑萃取，由于分子印跡技術的出現，這可以用固相萃取代替，并且可利用分子印跡聚合物選擇性富集目標分析物。由于印跡聚合物既可在有機溶劑中使用，又可在水溶液中使用，故與其他萃取過程相比，具有獨特的優點。
4.天然抗體模擬
MIPS與印跡分子之間作用的強度與選擇性在一定程度上可以和抗原與抗體之間的作用相媲美，因而可用于抗體模擬,這種模擬抗體制備簡單、成本低，在高溫、酸堿及有機溶劑中具有較好的穩定性，此外還可以重復使用。
5.模擬酶催化
例如以吡哆醛為印跡分子，用4一乙基咔哇為單體制備出分子印跡高聚物，它促進了氨基酸衍生物的質子轉移。
6.控緩釋藥物
印跡高聚物可以吸收大量與印跡分子結構相似的物質，可以被用來作為一種反應性控制釋放載體。
