TLC純度的鑒定：
1 展開溶劑的選擇，不只是至少需要3種不同極性展開系統展開，是首先要選擇三種分子間作用力不同的溶劑系統，如氯仿\甲醇，環己烷\乙酸乙酯，正丁/醇\醋酸\水，分別展開來確定組分是否為單一斑點。這樣做的好處是很明顯的，通過組份間的各種差別將組分分開，有可能幾個相似組份在一種溶劑系統中是單一斑點，因為該溶劑系統與這幾個組分的分子間力作用無顯著的差別，不足以在TLC區分。而換了分子間作用力不同的另一溶劑系統，就有可能分開。這是用3種不同極性展開系統展開所不能達到的。
2 對于一種溶劑系統正如wxw0825所言，至少需要3種不同極性展開系統展開，其一種極性的展開系統將目標組分的Rf推至0.5，另兩極性的展開系統將目標組分的Rf推至0.8，0.2。作用是檢查有沒有極性比目標組分更大或更小的雜質。
3 顯色方法，光展開是不夠的，還要用各種顯色方法。一般一定要使用通用型顯色劑，如10%硫酸，碘，因為每種顯色劑（不論是通用型顯色劑，還是專屬顯色劑在工作中都遇到他們都有一化合物不顯色的時候），再根據組分可能含有混雜組份的情況，選用專屬顯色劑。只有在多個顯色劑下均為單一斑點，這時才能下結論樣品為薄層純
熔程判斷純度：
原理很簡單，純化合物，熔程很短，1，2度?；旌衔锶埸c下降，熔程變長。
HPLC的純度鑒定：
對于HPLC因為常用的系統較少，加之其分離效果好，一般不要求選擇三種分子間作用力不同的溶劑系統，只要求選這三種不同極性的溶劑系統，使目標峰在不同的保留時間出峰。
軟電離質譜的純度鑒定：
如ESI-MS，APCI-MS。大極性化合物選用ESI-MS，極性很小的化合物選用APCI-MS，這些軟電離質譜的特點是只給出化合物的準分子離子峰，通過正負離子的相互溝通來確定分子量。如果樣品不純，就會檢出多對準分子離子峰，不但確定了純度，還能明確混雜物的分子量。
核磁共振的純度鑒定：
從氫譜中如果發現有很多積分不到一的小峰，就有可能是樣品是樣品中的雜質。利用門控去偶的技術通過對碳譜的定量也能實現純度鑒定。
每種方法多有各自的局限性，如基于氫譜的純度鑒定，如果發現有很多積分不到一的小峰，還有可能使樣品中的活潑質子，基于軟電離質譜的純度鑒定，如果混雜物的分子量與目標物一樣就無法檢出。
對化合物純度，世界上不存在100%純的化合物。希望要多高的純度應該與目的有關，例如，想測核磁共振鑒定結構，一般要求95%的純度，如果想測EI-MS，純度越高越好。99%以上。
以上的方法都不能區分對應異構體。
