當純凈甲醛在水溶液中溶解時，會自動聚合成長鏈的多聚甲醛。其長度不一，在水中同時進行聚合與解聚反應。甲醛易溶于脂類物質，因此能穿過細胞膜進入細胞內。用多聚甲醛固定細胞時，能使細胞內的自由氨基基團發生化學交聯。當不同的分子發生交聯時，形成一網狀結構，把細胞的各個結構成分連接起來。
單獨用多聚甲醛固定細胞不能使抗體進入細胞內，在檢測細胞內抗原時，標本經多聚甲醛固定后必須用非離子去污劑透化標本。
不主張使用商業甲醛溶液作為細胞染色的固定液，因為商業甲醛實際上是甲醛和甲醇（乙醇）的混合物，甲醇和乙醇的作用是防止甲醛分子聚合，使其保持單體狀態。使用商業甲醛處理細胞有兩個缺陷：不具有多聚甲醛固定細胞的優點；細胞卻被甲醇固定。
多聚甲醛固定方法為：
①用PBS洗滌玻片或培養皿；如果是單個的載玻片或蓋玻片，用鑷子鑷取，放入裝有PBS的燒杯中。如果載玻片或蓋玻片的數量較多，將其放在專用的支架上。如果是培養皿，將PBS倒入其中洗滌；
②倒掉PBS，但勿使標本干燥；
③加入4%多聚甲醛(臨用前配制)，室溫下靜置10min；
④用PBS洗滌細胞兩次；
⑤用含0.2%TritonX-100或NP-40的PBS溶液透化固定后的細胞2min（室溫），有些標本可能需要長達15min，時間視抗原而定；
⑥PBS洗滌細胞4次，洗滌時間不少于5min。此時，可加入抗體。
常見問題 ：
用交聯劑如多聚甲醛固定蛋白質比用有機溶劑能更好地保持細胞結構，但可能降低某些細胞組分的抗原性。經多聚甲醛固定后，與胞內自由氨基結合的抗體也許不再識別這些抗原。如果抗體在其他實驗中效果良好，但在經多聚甲醛固定的標本中不能有效地作用，可以嘗試逐步降低多聚甲醛的濃度。這樣雖然使細胞內各成分的交聯程度降低，但有利于細胞結構的保持，可以使抗體更好地與抗原中的某些結合部位接觸。
注意事項：
①多聚甲醛的固定是不穩定的，標本經多聚甲醛固定后應再經去污劑處理，如果標本在水溶液中浸泡的時間過長，則會使交聯結構解體。因此，應避免固定后的標本在水溶液中浸泡的時間過長；
②若用多聚甲醛固定懸浮細胞，因為細胞呈懸浮狀態，洗滌過程復雜，因此，應注意離心時間不要過長或轉速太高。一般用200×g離心5min。
在免疫染色實驗中，如果可用的抗體使用效果均不佳，有三種方法可以使之改善。
首先建議試用上述兩種固定方法，因為這兩種方法的固定機制存在很大區別。抗體在一種固定方法中檢測效果不理想，有可能在另一種固定方法中工作良好。第二個解決問題的方法是降低固定液的濃度，用系列稀釋的固定液進行試驗。下面選擇的方法雖然簡單，但在非常低濃度固定液的情況下，仍能達到良好的固定效果。第三種方法是根據固定方法來制備抗體，先將抗原用固定液固定后，再去免疫動物產生抗體。在這種情況下，所用抗原將和實驗中固定后的抗原非常相似，能夠獲得結合固定抗原的抗體。
