染色是生物顯微玻片標本制作中最重要的環節之一。先把破壞細胞膜的選擇透過性，再使用染色劑，將生物組織浸入染色劑內，使組織細胞的某一部分染上與其他部分不同的顏色或深度不同的顏色，產生不同的折射率，以便觀察。
另外，銀染法也較常用。當組織塊浸入硝酸銀溶液中時，有的組織結構能直接把硝酸銀還原，使銀粒附于其上，呈棕黑色或棕黃色。有些結構本身對硝酸銀無直接還原能力，若加入還原劑，可使硝酸銀還原沉淀顯色。
在實驗中，為了能夠清楚地觀察到目標組織或細胞，通常會采用染色的方式進行直觀驗證。面對形態各異的組織和細胞，研究學者們想到了多種多樣的染色方法以佐證自己的實驗結果。
1、簡單染色法—常用堿性染料如美藍等進行簡單染色；
2、革蘭氏染色法，主要包括結晶紫初染、碘液媒染、乙醇(或丙酮)脫色以及番紅復染四個過程；
3、巴氏染色法：本法染色特點是細胞具有多色性顏色，色彩鮮艷多彩。涂片染色的透明性好，胞質顆粒分明，胞核結構清晰，如鱗狀上皮過度角化細胞胞質呈橘黃色；角化細胞顯粉紅色；而角化前細胞顯淺綠色或淺藍色，適用于上皮細胞染色或觀察陰道涂片中激素水平對上皮細胞的影響。此方法的缺點是染色程序比較復雜。
4、瑞特—吉姆薩染色法（wrightgiemsa atain）；多用于血液，骨髓細胞學檢查。胞質內顆粒與核安危質結構顯示較清晰。操作簡便。
5、蘇木精—伊紅染色法（hemotoxylin eosin，HE）：又稱蘇木素-伊紅染色法，其中蘇木素是Hematoxylin，簡稱H，伊紅是Eosin，簡稱E，這是是普通光學顯微鏡觀察與鑒別細胞凋亡與細胞壞死的一種染色方法。
這種方法適用范圍廣泛，對組織細胞的各種成分都可著色，便于全面觀察組織構造，而且適用于各種固定液固定的材料，染色后不易褪色可長期保存。經過HE染色，細胞核被蘇木素染成藍紫色，細胞質被伊紅染色呈粉紅色。
該方法染色透明度好，核與胞質對比鮮明。染色步驟簡便，效果穩定。適用于痰液涂片，觖質核呈紫藍色，胞質淡玫瑰紅色，紅細胞呈淡朱紅色。
