1、從物品、用品消毒滅菌著手
細胞培養所用物品清洗、消毒要徹底，各種溶液滅菌除菌要仔細，并在取樣檢菌一周后確認無菌才能使用。同時，在無菌過濾操作中，隨著濾過體積的增大，濾膜破損的可能性增加，故應選擇最后過濾的液體進行檢測。定期對二氧化碳培養箱進行消毒。具體操作：75%的酒精搽拭培養箱后，使用可移動的紫外燈至少消毒 30min，加入高壓滅菌過的超純水于培養箱水槽中保持濕度。也可配制300ml的飽和硫酸銅加3L滅菌超純水混合成硫酸銅溶液加入水槽中。
2、添加抗生素
各種抗生素性質不同，對各種微生物的作用也不同，聯合應用比單用效果好，預防性應用比污染后使用好。但反復使用抗生素會使微生物產生耐藥性，且對細胞本身也有一定影響，因此為避免誘導抗藥細菌，應定期更換培養系統中的抗生素，或盡可能不用抗生素處理。
3、從操作者做起
（1）進無菌室前要徹底洗手，按規定穿隔離衣。開始操作前要用75%酒精棉球擦手、擦瓶口和燒灼瓶口。
（2）操作者動作要輕，安裝吸管帽、打開或封閉瓶口等操作應在火焰近處并經過燒灼進行。但要注意，金屬器械不能在火焰中長時間燒灼，以防退火；燒過的器械要冷卻后才能使用；已吸過培養液的吸管不能再用火焰燒灼，因殘留在吸管內的培養液成分如蛋白質等燒焦后會產生有害物質，吸管再用時會將其帶到培養液中；膠塞、橡皮乳頭及塑料的細胞培養用品過火焰是也不能時間太長，以免燒焦產生有毒氣體，危害培養細胞，同時塑料細胞培養用品也會產生變形影響使用。
（3）操作時盡量不要談話，咳嗽以防止來自唾沫和呼出的氣流所造成的污染。
（4）使用培養液前不宜過早開瓶，開瓶后的培養液應保持斜位，避免直立，以防止下落細菌的污染。不再使用的培養液應立即封閉瓶口，培養的細胞在處理之前勿過早暴露在空氣中。
（5）操作完畢后應整理好工作臺面，用消毒水浸泡的紗布擦拭臺面。
（6） 吸取培養液、細胞懸液時，應專管專用，一旦發現吸管口接觸了手和其他污染物品應棄去，以防止污染擴大或造成培養物之間的交叉污染。
4、防止細胞交叉污染
所有從別處轉來的或是自己所建的細胞系都要早期留有的充足的凍存儲備，一旦懷疑發生交叉污染，可做細胞遺傳學方面的鑒定，如發現原有的細胞遺傳物發生改變，可以復蘇早期凍存的細胞使用。重要細胞系（株）的傳代工作應由兩人獨立進行。
5、無菌室的徹底消毒
1） 新潔爾滅全面徹底擦洗無菌室。使用前應稀釋即配即用。新潔爾滅和酒精相比，最大的優點是便宜，因為新潔爾滅500ml只需5元，而且可以稀釋50倍用，而同樣量的酒精價格可能是新潔爾滅的幾十倍。
2）甲醛熏蒸法：甲醛是一種廣譜滅菌劑菌，其水溶液和氣體對各種細菌、芽孢及真菌等微生物均有殺滅作用。甲醛價廉，熏蒸消毒時不損壞衣服、家具、皮革、橡膠等。市售的甲醛水溶液中一般含37-40%的甲醛。
其主要用法為：
a）熏蒸消毒：每立方米空間甲醛用量為10~15毫升，熏蒸消毒時應密閉門窗封閉至少4h以上。高錳酸鉀加40%甲醛（1:1）混合后放入一開發容器中，立即可見白色甲醛煙霧。消毒后可放入25%氨水蒸發中和刺激氣味。氨水用量為所用甲醛水溶液的一半，時間為30分鐘。甲醛氣體毒性非常強，所以操作時一定需帶上防毒面具。
b）自然揮發： 將較大量的甲醛水溶液放入一敞開容器中，室內溫度保持在18攝氏度以上，同時室內噴水以保持相對濕度在70%以上，經16小時可達到室內消毒的目的
