菌種是用于發酵過程中作為活細胞催化劑的微生物，是指食用菌、工業菌、農用菌菌絲體及其生長基質組成的繁殖材料，其中包括細菌、放線菌、酵母菌和霉菌四大類。菌株是一種菌類系列中一個品種，表示同種微生物不同來源的純種培養，從自然界中分離得到的每一個微生物純培養都可稱一個菌株。
一、菌種是什么
1、菌種是指一組由相同菌屬、菌種命名的單一或分枝鏈單一紫菌綱細胞形態和遺傳特征相似的細菌總稱。菌株則指在同一菌種下，由不同的來源（不同的患者、不同的環境，在不同的時間或地點分離出的）而分離出的，具有明顯特征差異的亞種。
2、菌種是從事微生物學及生命科學研究的基本材料，在醫學領域中，診斷制品的制備，菌苗的生產、微生物致病性研究、藥物的抑菌試驗、藥品微生物檢驗等方面都有一套完整的菌種，菌種又分為母種、原種以及栽培種三級。
二、主要區別
1. 定義不同
菌種和菌株的定義不同，菌種是按照分類學上的規定按照一定的科學標準來定義，而菌株則是根據臨床或科研實驗需要，將同一菌種中表現出顯著性狀差異的菌體分為不同次級群體。
2. 特征不同
同一菌種之間可以有很大的表型和基因型的差異，因此，菌株之間也會存在很多差異，或者在進行各類實驗和應用時，選擇具有特殊性狀的分離物。
3. 應用范圍不同
菌株主要用于臨床和實驗室應用等方面，如藥物敏感性試驗、免疫診斷、研究微生物生態學、基因工程及發酵工業等方面。菌種則主要用于微生物學研究中，較少直接應用。
4、實際應用
在實際應用中，菌株和菌種的概念有時候也會有所關聯。比如，一些研究人員會選擇不同來源的菌株作為同一菌種的代表，以構建菌種的典型菌株集合，為了便于分類鑒定，常常會存放在菌種庫中。
5、總結
綜上所述，菌種和菌株雖然在概念上存在一定的差異，但在微生物的研究和應用中，卻又常常密切關聯。科研人員在應用中要嚴格根據概念區分，避免混淆誤用。
三、菌群、菌型、菌屬是什么
1、菌群：指的是大量真菌或細菌形成肉眼可見的集團，生活在健康動物各部位、數量大、種類較穩定、一般能發揮有益作用的微生物種群叫正常菌群。
2、菌型：同一菌種的不同細菌，在某些方面有較小差異的為同一菌型，通常一個菌種內的細菌可以分為多種不同的菌型。
3、菌屬：菌種的上一級分類，通常性狀相近、親緣關系密切的若干菌種組成一個菌屬，如芽孢桿菌屬、葡萄球菌屬、乳桿菌屬等。
