瓊脂糖凝膠電泳儀是以瓊脂糖凝膠作為載體的電泳，廣泛用于核酸研究。瓊脂糖凝膠屬于大孔膠，可分析分子量為107的大分子，這種大孔特性有利于免疫電泳和微量制備。
瓊脂糖形成凝膠后孔徑的大小取決于瓊脂糖凝膠濃度，瓊脂糖凝膠濃度與平均孔徑的關系如下：
一、瓊脂糖凝膠濃度為0.075%時，平均孔徑為800nm。
二、瓊脂糖凝膠濃度為0.16%時，平均孔徑為500nm。
三、瓊脂糖凝膠濃度為1%時，平均孔徑為150nm。
四、瓊脂糖凝膠濃度為2%時，平均孔徑為20nm。
瓊脂糖凝膠的濃度選擇：
目的產物大小80BP的片段，你可以用2.0%的瓊脂糖凝膠進行電泳，瓊脂糖以及TAE的量的多少，首先與你跑得樣品的個數有關，因為你樣品的個數決定了你膠槽的體積，膠槽的體積決定了你的TAE的量，決定了瓊脂糖的量，比如說你膠槽的體積是20ml, 那么你要配2.0%的膠，就需要20ml的TAE和0.4g的瓊脂糖。
做膠的時候要注意一定要讓瓊脂糖充分溶解，可以煮沸，同時也要注意煮沸的過程中TAE的蒸發，我第一次做膠的時候，用燒瓶煮沸差點都蒸發光了；再就是加EB的時候以不燙手為標準，因為高于70度時EB會升華蒸發，過于冷卻了會使EB的濃度不均；因為EB為致癌物質，所以操作時一定要注意做好自我保護；再就是膠槽要洗干凈，梳齒一定要放正，免得跑出來的帶不整齊。
跑膠的時間和電壓成反比，電壓和電泳槽兩個電極之間的距離成正比，一般是小于5V/cm. 因為你的片段很小，所以很有可能和引物二聚體無法區分，所以你再跑電泳時時間應該適當延長一些，可以使溴芬蘭指示條帶跑過膠的2/3處，因為時間長了，因物二聚體就會跑沒了，而目的產物不會。
