一 、模板質量問題：
1）模板提取不完整，其中不含你的目的基因，或目的基因含量太低。可以跑個電泳看看提取的DNA，PCR陽性樣品與陰性樣品是否有明顯差別。如果確定是這種問題，可以增加模板量試試，但不一定行得通。
2）模板里面殘留某種試劑成份，可能抑制Taq聚合酶的活性，如果是這種情況，可以用試劑盒把模板再純化一下，或將模板做個梯度稀釋以確定最佳的模板量。
3） 為什么跑電泳會出現拖帶呢？
1. 有可能的因為你的電壓調的太高了。電泳跟很多因素有關，其中就有一個是電壓，在適當的電壓范圍內增加是可以加快遷移速率，但是要是超到一個臨界值反而有害。你可以適當的調低點看看。
2.有時候發現上樣量太多的話會有拖帶。你看能否回收之后 ，按1:50 或1:100 等稀釋后，再當成模板擴一次怎么樣。
二 、引物問題
1）樣品自身的基因型差異導致擴增失敗。也就是說你的引物與某些基因型的樣品結合的好，而和另一些基因型結合不好?？梢該Q一對更保守的引物試試。祝順利！
2）普通PCR所用的一對引物中有一個引物加多了，為正常的三倍只要引物特異性比較好，那么不會產生大的影響。如果恰巧是加多的這條引物不是很特異的話，也許會擴出來非特異帶。
在制備單鏈探針時候就采取這樣的不對稱pcr，沒關系的三Taq酶處于失活狀態。因為活性降低了能出現二聚體。
三、Taq酶處于失活狀態。因為活性降低了能出現二聚體。
四、模板濃度過低。
五、退火溫度過高。有可能，可以做個梯度PCR試一下。
六、循環次數過少或延伸時間過短以致目的基因擴增量不夠。這個可能性不大。
七、dNTP濃度低時PCR產率及特異性均增高，適合于用擴增摻入法標記生物素及放射性元素。當100μl PCR液中含dNTP各40μmol/L時就足以合成2.6μg的DNA（dNTP消耗一半）,所以,你不小心多加了4倍的量,會很影響PCR結果,即Taq酶活力要降低20～30%，即底物抑制。
八、PCR產物電泳
1.電泳圖不清晰，可能電泳緩沖液和制膠緩沖液濃度不準或者臟了吧。換新的電泳緩沖液和制膠緩沖液試試。
marker都出問題說明是你的膠的問題，或者電泳操作的問題。
2. PCR擴增有時出現涂抹帶或片狀帶或地毯樣帶。其原因往往由于酶量過多或酶的質量差，dNTP濃度過高，Mg2+濃度過高，退火溫度過低，循環次數過多引起。
