質粒提不出和得率較低的原因
1 ) 大腸桿菌老化：
請涂布平板培養后，重新挑選新菌落進行液體培養。
2 ) 質粒拷貝數低：
由于使用低拷貝數載體引起的質粒DNA 提取量低，可更換具有相同功能的高拷貝數載體 。
3 ) 菌體中無質粒：
有些質粒本身不能在某些菌種中穩定存在，經多次轉接后有可能造成質粒丟失。例如，柯斯質粒在大腸桿菌中長期保存不穩定，因此，不要頻繁轉接，每次接種時應接種單菌落，另外，檢查篩選用抗生素使用濃度是否正確。
4 ) 堿裂解不充分：
使用過多菌體培養液，會導致菌體裂解不充分。
5 ) 吸附柱過載：
不同產品中吸附柱吸附能力不同，如果需要提取的質粒量很大，請分多次提取。
6 ) 質粒未全部溶解(尤其質粒較大時)：
洗脫溶解質粒時，可適當加溫或延長溶解時間。
7 ) 乙醇殘留：
漂洗液洗滌后應離心盡量去除殘留液體，樹脂型試劑盒漂洗后應晾干樹脂，再加入洗脫緩沖液。
8 ) 洗脫液加入位置不正確：
洗脫液應加在硅膠膜中心部位以確保洗脫液會完全覆蓋硅膠膜的表面達到最大洗脫效率。
9 ) 洗脫液不合適：
DNA只在低鹽溶液中才能被洗脫，如，洗脫緩沖液EB(10mM Tris?Cl，pH8.5)或水。洗脫效率取決于pH值。最大洗脫效率在pH7.0～8.5間。當用水洗脫時確保其pH值在此范圍內，如果pH過低可能導致洗脫量低。洗脫時將滅菌蒸餾水或洗脫緩沖液加熱至60℃后使用有利于提高洗脫效率。
