自然選育的步驟主要是：采樣，增長培養(yǎng)，培養(yǎng)分離和篩選等。
采樣篩選的菌種采集的對象以土壤為主，也可以是植物、腐敗物品和某些水域等。土壤是微生物的匯集地，從土壤中幾乎可以分離到任何所需的微生物，故土壤往往是首選的采集目標(biāo)。
微生物的營養(yǎng)需求和代謝類型與生長環(huán)境有很大關(guān)系。
富集培養(yǎng)由于采集樣品中各種微生物數(shù)量有很大差異，若估計到要分離的菌種數(shù)量不多時，就要人為增加分離的概率，增加該菌種的數(shù)量，稱為富集培養(yǎng)。
純種培養(yǎng) 盡管通過增長培養(yǎng)的效果很好，但是得到的微生物還是處于混雜狀態(tài)，因為樣品中本身含有許多種類的微生物。所以，為了取得所需的微生物純種，增殖培養(yǎng)后必須進(jìn)行分離。
平板分離法由接種環(huán)以無菌操作沾取少許待分離的材料，在無菌平板表面進(jìn)行平行劃線、扇形劃線或其他形式的連續(xù)劃線，微生物細(xì)胞數(shù)量將隨著劃線次數(shù)的增加而減少，并逐步分散開來。如果劃線適宜的話，微生物能一一分散，經(jīng)培養(yǎng)后，可在平板表面得到單菌落。
分離方法有三種：即劃線分離法、稀釋法和組織分離法。稀釋分離法在溶液中再加入溶劑使溶液的濃度變小。亦指加溶劑于溶液中以減小溶液濃度的過程。濃溶液的質(zhì)量×濃溶液的質(zhì)量分?jǐn)?shù)=稀溶液的質(zhì)量×稀溶液的質(zhì)量分?jǐn)?shù)生產(chǎn)能力考察初篩一般通過平板稀釋法獲得單個菌落，然后對各個菌落進(jìn)行有關(guān)性狀的初步測定，從中選出具有優(yōu)良性狀的菌落。例如，對抗生素產(chǎn)生菌來說，選出抑菌圈大的菌落；對于蛋白酶產(chǎn)生菌來說，選出透明圈大的菌落。此法快速、簡便，結(jié)果直觀性強(qiáng)。缺點是培養(yǎng)皿的培養(yǎng)條件與三角瓶、發(fā)酵罐的培養(yǎng)條件相差大，兩者結(jié)果常不一致。
