1.專屬性
微生物定性檢驗的專屬性是指檢測樣品中可能存在的特定微生物種類的能力。當替代方法以微生物生長作為判斷微生物是否存在時，其專屬性驗證時應確認所用培養基的促生長試驗，還應考慮樣品的存在對檢驗結果的影響。當替代方法不是以微生物生長作為判斷指標時，其專屬性驗證應確認檢測系統中的外來成分不得干擾試驗而影響結果，如確認樣品的存在不會對檢驗結果造成影響。采用替代方法進行控制菌的檢驗，還應選擇與控制菌具有類似特性的菌株作為驗證對象。
2.檢測限
微生物定性檢驗的檢測限是指在替代方法設定的檢驗條件下，樣品中能被檢出的微生物的最低數量。由于微生物所具有的特殊性質，檢測限是指在稀釋或培養之前初始樣品所含有的微生物數量，而不是指檢驗過程中某一環節的供試液中所含有的微生物數量。例如控制菌檢查中規定不得檢出沙門菌，對檢測限而言，是指每10g樣品中能被檢出的沙門菌的最低數量。
檢測限確定的方法是在樣品中接種較低濃度的試驗菌（每單位不超過5cfu），然后分別釆用藥典方法和替代方法對該試驗菌進行檢驗，以檢出與否來比較兩種方法的差異。試驗菌的接種量須根據試驗而定，以接種后采用藥典方法50%的樣品可檢出該試驗菌為宜。檢測限驗證至少應重復進行5次。對于同一種試驗菌可采用卡方檢驗（χ2）來評價兩種方法的檢測限是否存在差異。
3.重現性
微生物定性檢驗的重現性是指相同的樣品在正常的實驗條件（如實驗地點、實驗人員、儀器、試劑的批次等）發生變化時，所得檢驗結果的精密度。重現性可視為微生物檢驗方法在檢驗結果上抵抗操作和環境變化的能力。方法使用者應優先測定該驗證參數。在樣品中接種一定數量的試驗菌（接種量應在檢測限以上），采用藥典方法和替代方法，分別由不同人員，在不同時間，使用不同的試劑（或儀器）進行檢驗，釆用卡方檢驗（χ2）來評價兩種方法的重現性是否存在差異。驗證過程中，應關注樣品的一致性。
4.耐用性
微生物定性檢驗的耐用性是指當方法參數有小的刻意變化時，檢驗結果不受影響的能力，為方法正常使用時的可靠性提供依據。方法使用者應優先測定該驗證參數。與藥典方法比較，若替代方法檢驗條件較為苛刻，則應在方法中加以說明。替代方法與藥典方法的耐用性比較不是必須的，但應單獨對替代方法的耐用性進行評價，以便使用者了解方法的關鍵操作點。
